东晋自建武元年司马睿定都建康，至恭帝司马德文元熙二年被刘裕所废，期间经历十一帝，共一百零四年。在这百年间，皇族与门阀士族共掌朝政，这是门阀士族巅峰时期，但盛极而衰，门阀士族也正是在东晋一朝走上下坡路。
首先就是门阀阻断了上下阶层的流通。门阀制度是我国历史上从两汉到隋唐最为显著的选拔官员系统，这时期国家重要的官职基本上被少数姓氏家族所垄断，个人的出身背景对于其仕途的影响要远远大于其本身的才能特长。尤其是东晋一朝，皇权受制于士族门阀，朝廷中重要官职均为门阀士族把持，庶人不能染指。庶族子弟只能就任一些事务繁忙、位卑职微的官职。这样就没有向下的合理流动，上层也就堆集一批腐化分子。
再就是皇族对门阀的打压和分化。东晋政权是司马氏皇权和以王、庚、桓、谢等诸大姓为代表的北方士族以及处于非主流地位的江南吴姓士族的联合专政，这种政治格局一直延续到东晋末年，长达一个世纪之久。在这漫长的一个世纪里，皇族一直也在利用门阀士族之间的斗争来打压和削弱他们。如淝水之战后的谢安，功名大盛，引起了孝武帝的猜忌。“时会稽王道子专权，而奸谄颇相扇构”，谢安不得以北征为名，让出中枢之职，退居广陵，后病卒。司马道子遂为扬州刺史、录尚书事、都督中外军事，总揽大权。孝武帝将谢安逐步排除中枢，算是在一定程度上摆脱皇权受制于门阀士族的局面。
再就是门阀内部的权力争夺。东晋门阀主导朝政，并不只有一个门阀势力，它是有一个或数个门阀做主导，在辅以一些二流门阀士族为主干，最后加上众多的三流门阀士族为基础而构成的一个东晋门阀势力。由于这一情况，对于门阀手中权力的分配，必然导致门阀之间内部的权力争夺。其中东晋的王、庚、桓、谢几大门阀，从来就是斗争激烈，小到某个官职，大道如荆州江州重地的争夺，甚至军事对峙都很频繁。
最后就是东晋末年孙恩、卢循领导的农民起义彻底摧毁了门阀世家。孙恩出自琅琊孙氏，属于低级士族。孙恩、卢循的起义虽然失败了，但在起义军的严重打击下，东晋政权已经遥遥欲坠，有名无实。镇压起义的寒族出身的刘裕等，由北府兵的下级军官，在镇压和平定恒玄之乱中，逐步和实际掌握了东晋的军政大权。”这次起义对东晋门阀士族一个最为严重的恶果就是谢琰被杀后，北府兵被寒人掌握，士族从此失去军权。
