荔枝不论是采用实生苗、嫁接苗还是圈枝苗，荔枝根系都是粗壮庞大，有垂直根及水平根。实生苗、嫁接苗成长的树主根垂直生长入土较深，圈枝苗成长的树虽没有主根，但仍有垂直生长的根。根系分布深浅除与繁殖方法有关外，主要决定于土层的深浅，土壞结构及肥、水、气、热的状况。土层深厚，土壤疏松肥沃，地下水位较低的丘陵山区，垂直根可以深入土壤4一5米。即使是圈枝苗成长的树，也达8一4米。但种植在潮水涨退的围提、涌边，根系往往局限在最高潮水线上，通常分布在0.8-1米的土层中。水平根的分布较广，约为树冠的1ー2倍，但以树冠范围内外的根系最多，离土面10一50厘米最多。因此，肥料应施在这个地方，才能更好为根系吸收利用。
荔枝根系的生长与温度、水分及地上部分的生长情况有密切关系。当土温在10-20℃时，根系生长由缓慢逐渐加快，28一26℃时最适宜根系生长，高达81℃时又转入缓慢。当土壤含水量在16％以下时生长慢，到28％时生长最快。为使根系生长良好，高温期的土壤覆盖（特别是幼龄树）和干早时的灌溉都是必要的。低温及干旱期的施肥（特别是速效肥）,效果是不大的。由于土壤温、湿度及地上部分制造的有机养分分配不同的影响，使根系生长有三个明显的高峰期：第一次生长高峰是盛花后至6月中旬，是一年中根生长最大的一次，第二次高峰在采果后的8月中旬，第三次高峰在秋梢老熟后的10月中旬。荔枝根系生长的这种现象，表现出地上部分与地下部分相互营养相互促进又相互制约的关系。在根系生长高峰期施肥，吸收利用率最高，断根的再生能力也最强，土壤管理要注意这一特点。
