动物粪便中还有大约40%以上的营养物质没有被消化利用，这些富营养物质如果不被处理而直接排放，将造成巨大的环境污染问题。如果通过黑水虻幼虫的分解和处理，对动物粪便中的营养物质再利用，不仅解决动物粪便富营养化问题，同时可得到有机肥并能减少粪便中的病菌数量2000倍以上，并且能获得大量虫体蛋白，水虻处理后得到的粪便残渣，其实是虫粪和纤维残渣，富含被植物吸收的营养元素和微量元素成分，颗粒适中，气味芬芳，是天然的高质量有机肥产品。黑水虻处理1吨的新鲜鸡粪（含水量约70%），可以获得约150kg的水虻鲜虫和200kg的有机肥产品。黑水虻处理1吨的新鲜猪粪（含水量约70%），可以获得80~100kg的水虻鲜虫，以及300kg的有机肥产品。黑水虻处理一吨餐厨垃圾可以获得350kg的水虻鲜虫和200kg有机肥。利用黑水虻处理禽畜粪便，适用于大多数的笼养鸡场、散养鸡场以及养猪场、养鸽场等大量产出粪便的企业。山东曹县王泽铺昆虫小镇利用苍蝇、黑水虻、以色列地鳖、蚯蚓等环保昆虫集成处理餐厨垃圾，变废为宝，效益可观。
