刘兆玄内阁（5月20日–9月10日）
行政院长刘兆玄（5月20日 –9月10日）
行政院副院长邱正雄（5月20日 – 9月10日）
行政院秘书长薛香川（5月20日 – 9月10日）
八部二会
内政部部长
廖了以（5月20日 – 9月10日）
外交部部长
欧鸿炼（5月20日 – 9月10日）
国防部部长
陈肇敏（5月20日 – 9月10日）
财政部部长
李述德（5月20日 – 至今）
教育部部长
郑瑞城（5月20日 – 9月10日）
法务部部长
王清峰（5月20日 – 3月11日）
经济部部长
尹启铭（5月20日 – 9月10日）
交通部部长
毛治国（5月20日 – 至今）
蒙藏委员会委员长
高思博（5月20日 – 2月9日）
侨务委员会委员长
吴英毅（5月20日 – 至今）
署及其他附属机构
行政院卫生署署长
林芳郁（5月20日 – 9月26日）｜叶金川（9月26日 – 8月6日） ｜杨志良（8月6日 – 2月9日）
行政院环境保护署署长
沈世宏（5月20日 – 至今）
行政院海岸巡防署署长
王进旺（5月20日 – 至今）
行政院经济建设委员会主任委员
陈添枝（5月20日 –9月10日）
行政院大陆委员会主任委员
赖幸媛（5月20日 – 至今）
行政院国军退除役官兵辅导委员会主任委员
高华柱（5月20日 – 9月10日）
行政院青年辅导委员会主任委员
王昱婷（5月20日 – 2月9日）
行政院原子能委员会主任委员
蔡春鸿（5月20日 – 至今）
行政院国家科学委员会主任委员
李罗权（5月20日 – 2月6日）
行政院研究发展考核委员会主任委员
江宜桦（5月20日 –9月10日）
行政院农业委员会主任委员
陈武雄（5月20日 – 2月6日）
行政院文化建设委员会主任委员
黄碧端（5月20日 – 2月9日）
行政院劳工委员会主任委员
王如玄（5月20日 – 至今）
行政院体育委员会主任委员
戴遐龄（5月20日 – 至今）
行政院客家委员会主任委员
黄玉振（5月20日 – 至今）
行政院原住民族委员会主任委员
章仁香（5月20日 – 9月10日）
行政院金融监督管理委员会主任委员
陈树（5月20日 – 11月28日） ｜陈冲（11月28日 – 5月17日）
行政院公平交易委员会主任委员
汤金全（独立机关任期至1月31日届满，不受内阁改组影响）
行政院公共工程委员会主任委员
范良銹（政务委员兼任）
行政院消费者保护委员会主任委员
邱正雄（行政院副院长兼任）
中央选举委员会主任委员
张政雄（任期制的独立机关，由于中选会组织法通过而法制化，待新提名之中选会委员上任后当即解任）
行政院飞航安全委员会主任委员
吴静雄（8月12日 – 至今）
北美事务协调委员会主任委员
朱文祥（2月20日－）｜邵玉铭（5月13日 – 至今）
国家通讯传播委员会主任委员
彭芸（8月1日—）
行政院新闻局局长兼行政院发言人
史亚平（5月20日 – 12月31日） ｜苏俊宾（12月31日 – 2月24日）
行政院主计处主计长
石素梅（5月20日 – 至今）
行政院人事行政局局长
陈清秀（5月20日 – 9月10日）
中央银行总裁
彭淮南（不受内阁改组影响）
台湾省政府主席
蔡勋雄（政务委员兼任）
福建省政府主席
薛香川（行政院秘书长兼任）
行政院中部联合服务中心主任
蔡勋雄（政务委员兼任）
行政院南部联合服务中心主任
蔡勋雄（政务委员兼任）
行政院东部联合服务中心主任
蔡勋雄（政务委员兼任）
国立故宫博物院院长
周功鑫（5月20日 – 至今）
不管部会之政务委员
蔡勋雄（5月20日 – 2月24日）
朱云鹏（5月20日 – 4月26日）
张进福（5月20日 – 至今）
曾志朗（5月20日 – 2月6日）
