在位前期
嘉庆四年(1799年)正月,太上皇乾隆帝崩,颙琰开始亲政,二月,诛杀权臣和珅,罢黜、囚禁和坤亲信死党,诏求直言,广开言路,祛邪扶正,褒奖起复乾隆朝以言获罪的官员,诏罢贡献,黜奢崇俭,要求地方官员对民隐民情“纤悉无隐”,据实陈报,力戒欺隐、粉饰、怠惰之风,但其对内政的有限整顿,未能从根本上扭转清朝政局的颓败。
嘉庆五年(1800年)正月,颙琰命额勒登保办理剿灭陕西教匪的事务,命德楞泰、魁伦办理剿灭四川教匪的事务,七月,颙琰命右翼总兵长龄统率吉林、黑龙江的八旗兵到湖北协助剿灭教匪,贵州巡抚琅玕上奏青苗杨文泰作乱,率兵剿灭,马慧裕上奏擒获教匪首犯刘之协,押解到京诛杀,额勒登保擒获教匪头目陈杰。
嘉庆六年(1801年)正月,颙琰以傅森为户部尚书,明安为步军统领。
嘉庆六年(1801年)四月,立皇贵妃钮祜禄氏为皇后,晋莹嫔侯氏为华妃,晋贵人董氏为淳嫔,晋举人伊里布之女春贵人王氏为吉嫔。
嘉庆七年(1802年)七月,颙琰初次秋狝木兰。
嘉庆七年(1802年)十二月,川楚白莲教起义大部分已被镇压。
嘉庆八年(1803年)闰二月,颙琰由圆明园还宫,入贞顺门,陈德行刺,不成被俘,陈德及其二子伏诛,严申宫门之禁,十月,葬孝淑皇后于山陵。
嘉庆九年(1804年)五月,颙琰终于彻底镇压了白莲教起义余部,此战事迁延九年,清廷耗军费白银二亿两,六月,蔡牵于海上起义。
嘉庆十年(1805年)正月,颙琰诏内务府大臣严行约束太监的权利。
嘉庆十年(1805年)四月,颙琰查禁西洋人刻书传教。
嘉庆十年(1805年)五月,诏内务府大臣管理西洋堂,未能严加稽查,任令传教,下部议处,其经卷检查销毁,习教佟兰等获罪。
嘉庆十一年(1806年)九月,直隶查出假雕印信,串通银号,虚收冒支大案。
执政中期
嘉庆十三年(1808年)正月,皇二子绵宁释奠孔子,九月,英国兵船进泊香山洋面,派兵据澳门炮台,以防御法国保护贸易为借口,十二月,颙琰命皇二子绵宁诣大高玄殿祈雪,赐公舒明阿之女佟佳氏为绵宁继福晋。
嘉庆十四年(1809年)九月,蔡迁被福建水师提督王得禄围于定海渔山外洋,裂船自溺,十二月,发生工部书吏冒领户部、内务府官银案。
嘉庆十五年(18),二月,颙琰下诏说吸食鸦片有害身体,敕令各督抚断其来源,镇压了爆发于东南海疆的蔡牵起义军。
嘉庆十六年(18)七月,颙琰禁西洋人在内地居住,并禁止人民人接触天主教。
嘉庆十七年(18)正月,颙琰命皇二子绵宁诣太庙行礼,六月,颙琰将闲散宗室迁移到关外盛京居住,给他们盖房屋并且给田、给银子。
嘉庆十八年(18),北方爆发天理教起义,部分天理教徒,在太监接应下冲进皇宫,“酿成汉唐、宋明未有之事”,颙琰下诏罪已,同时严令对冲进皇宫的起义军血腥屠戮,无一幸免,并捕杀在城外的头目林清等,天理教起义被镇压。
嘉庆十九年(18)十一月,颙琰命开垦伊犁、吉林的荒地,十二月,批准两广总督蒋攸铦严禁农民为洋人服役,洋行不得私盖夷式房屋以及清查商欠等各项具体规定。
嘉庆二十年(18)正月,颙琰命智亲王绵宁至太庙行礼,三月,两广总督蒋攸铦疏陈查禁鸦片烟章程,十一月,理亲王昭梿削爵圈禁。
嘉庆二十一年(18),拒绝了英国提出的建立外交关系、开辟通商口岸、割让浙江沿海岛屿的要求,而闭关锁国的传统观念,也使其对外来事物采取盲目排斥态度。