日本陆军创建之初，采取的是“法国式”军制，实行军政与军令合一的“一元制”模式。但此后随着征兵制的实施、日本在普法战争后对德国“军政二元化”的赞许，特别是此时具体负责陆军军制建设的桂太郎，因在早年留学德国和随后担任日本驻德国公使馆副武官时期，亲眼目睹了德国参谋本部组织与机能的完备，故而他认为，在日本陆军省，参谋局的规模和权限都很小，于是，桂太郎强烈建议有必要创设真正的参谋本部。
在1877年西南战争后，山县等人为防止民权派势力向军队中渗透，最终选取了军政、军令分立的“二元制”德国模式。
1878年12月，参谋局从陆军省分离出来，设置了参谋本部，专门掌管陆军军令事项，并统辖各监军部、近卫军、镇台的参谋部。参谋本部直接隶属于天皇，不在内阁的管辖之列，奉行“统帅权独立”原则，具有“帷幄上奏权”，可以说是与陆军省平行的陆军军令统辖机关。1889年明治宪法的颁布，使“统帅权独立”获得了法律保障，由此，根据“内阁职权”第六条和“内阁官制”第七条的非文理解释，内阁总理大臣不能参与关于“军机军令”之上奏。
到了1893年5月，参谋部从海军省独立出来，海军军令部成为与参谋本部并立、独立于内阁之外的又一军令机构。由此，近代日本的军事建制明确划分为军令、军政机关。军政机关是指陆军省和海军省，主要负责军事政策、编制和管理，陆军大臣和海军大臣具有可以不经由内阁总理大臣，而直接、单独向天皇上奏的权限，由此，陆、海军大臣的“帷幄上奏权”，就保障了陆、海军大臣对内阁的独立性。
军令机关是指参谋本部和海军军令部，主要拥有军队的统帅、指挥和调动权，因其是直属于天皇的独立机构，故而开始逐渐逾越于内阁和议会之上，特别是随着此后参谋本部权限的不断扩大，加之涉及到国防方面的内容极为广泛，且大多可以归于军政的范畴之列，由此，军部不断扩大军令的管辖范围，并通过“帷幄上奏”来获取关于重大国政的发言权。
另外，“军部大臣现役武官制”也是军部势力不断增强的又一制度保证。在“军部大臣现役武官制”之下，不仅陆、海军大臣必须由现役的大将或中将来担任，而且当内阁政策有悖于军方利益时，陆、海军大臣就以辞职相要挟，以此来迫使内阁倒台，于是，军部以此来作为对抗内阁的“杀手锏”，内阁也只能对军部马首是瞻、唯命是听，可见，“军部大臣现役武官制”直接影响着内阁之存废。但与此同时，由于陆、海军大臣是由军部推举和天皇任命的，故而不仅内阁对其没有约束力，而且即使内阁总辞职，陆、海军大臣仍可留任在下届内阁之中。
因此，以“统帅权独立”为保障，军部通过“帷幄上奏权”和“军部大臣现役武官制”，不断干预政治、控制内阁，甚至还握有决定内阁之存亡的大权，由此，近代日本陆军不仅日益发展壮大，而且还逐步干预、影响政府的内外决策，这就为战前日本陆军战略构想的推进及其内部各派阀间矛盾纷争的展开，提供了坚实的制度保障，并深刻影响着战前日本的内外战略抉择。
