剧情开篇看似无比可爱的QB就向少女们抛出了出卖自己换取力量实现愿望这一浮士德式的交易，天真幼稚的人物，明媚和蔼的画风与文学史上总是联系着宿命、矛盾和悲剧的沉重命题形成了强烈的反差，由此给《小圆》初步定下了悲剧的基调，也开始期待作者如何驾驭这一矛盾，编织一部少女版浮士德。接下来的剧情发展紧凑而自然，麻美登场完成了基本背景的交代和主角进入剧情的引导之后，编剧慷慨地安排了一次性格的碰撞，让麻美从孤独中得到治愈的希望，得到小圆互相依靠的承诺后幸福地牺牲了，至此也是剧情的第一个高潮。之后是温馨的纯爱段落，认识到魔法少女战斗危险一面的沙耶加，在目睹了心上人上条恭介的绝望和自暴自弃，毅然为了治愈心上人而签订契约成为魔法少女，然而魔法少女的真相比她所认识的残酷得多，残酷到足以改变一个人的世界观，也为以后的崩溃埋下伏笔。
然后另一位魔法少女杏子登场，信奉丛林法则的杏子与立志守护正义为他人使用魔法的沙耶加格格不入的行为方式和观念冲突成为这一阶段矛盾的主线，进而讲述了为父亲寻求信徒而许愿，最后失去亲人的悲剧经历，揭示了杏子价值观的形成。此时剧情一方面沙耶加和杏子在冲突中认识到魔法少女的真相，又遭遇好友夺爱内心信念崩溃最终绝望堕落成为魔女，一方面杏子在与沙耶加的冲突中看到了以前的自己，在“投射心理”的作用下出于不希望沙耶加重蹈自己覆辙的目的救助沙耶加，在发现魔法少女会丧失正常人的生活并最终在绝望中成为魔女这一残酷命运后，杏子的世界观同样受到巨大的冲击。此时对她来说救沙耶加也是在救自己，在拯救失败目睹沙耶加绝望化为魔女之后，杏子也对自己身为魔法少女的宿命绝望了，她选择了与变成魔女的沙耶加同归于尽，作为对命运最后的抗争。
到了第10集主线剧情没有进展，而是回头倒叙。晓美焰身上的谜团逐步揭开，许愿保护小圆而成为拥有穿越时间能力的魔法少女，在一次次轮回中为拯救小圆的命运而战斗，一次次失败承受宿命的嘲弄，在西西弗斯式永劫中迎来了前面9集的旅程。时空穿越的引入，让晓美焰的形象顿时丰富，也让全剧的境界再次提升了一个台阶，从剧情的矛盾冲突上升到对悲剧本源的思考和求索。在看完1-9后对结局的预期还停留在“正义战胜邪恶”或者“艰难的胜利后再次踏上征途”这一档次，而看过10后对结局的预测已经浮现出了诸神黄昏级别的哲学悲剧观——其实我预测的诸神黄昏结局也不算全错。之前并未听说过虚渊玄这位作家，也没有接触过他的作品。看完魔法少女小圆，由衷地向这位据称是爱的战士致敬——感谢他创造出如此精彩的剧本，在这样一部12集的动漫中能够感受到他前苏格拉底派的悲剧观又能体会出对人本的推崇和对盲目理性的批判。
《小圆》可以算是以少女动漫方式对《浮士德》的解读和演绎，没有深厚的人本关怀和哲学素养，光靠写作技巧是无法挖掘出如此思想深度的。何为神性？看看耶稣：他说要爱你的敌人，祝福诅咒你的人。对恨你的人行善，为虐待你的人和迫害你的人祈祷。耶稣降生于被罗马人统治的犹太人中，却不但要拯救犹太人也要拯救罗马人；助人无数不求回报，在十字架上替世人承受苦难之际仍在为背叛他的人祈祷，他心中没有仇恨只有对世人的悲悯和无私的牺牲。再看小圆性格上是否有所相似？爱每一个人；不但怜悯魔法少女也怜悯魔女；当看到她许愿替过去未来的所有魔法少女承受一个宇宙的绝望和诅咒，并毁灭了魔女化的自己的时候，是否想到了在十字架上替世人承受苦难的耶稣？耶稣死后复活升入天堂，小圆牺牲后化为宇宙更高层次的存在。
QB说得没错，小圆许下了颠覆规则的愿望，使她在许愿的那一刻登神。魔法少女散布希望，而小圆成为了魔法少女的希望，她神性的光辉照耀着每个魔法少女。漫长的等待在小炎载着犹如混沌的绝望般的黑翼驰向天际后最终画上了休止符，无数次跨越时间与空间的重演，无数次见证生于死的绝望，在一切幻化为终焉，希望拉扯着绝望的载体而瞬间迸发的那一刻，每个人都回到了应该去到的地方，世界的本质并没有被颠覆，只是稍稍地，小圆用爱与希望消去了那从希望衍生成为绝望的痛苦，到底有没有被治愈，答案已经在每个人的心中了…静默一人的黑夜，独自触碰着冰冷的空气，等待着命运的那一刻，重逢的那一瞬间，漆黑之花绽放，有如白昼被漆上了黑夜，分不清时空，唯有聆听世界的心跳，宛如整个世界，整个宇宙，都在你怀中…
