自从波本也成了卧底之后，大波柯迷就从讨厌琴酒变成心疼琴酒了，毕竟组织里除了他，要么是卧底，要么是废物。但也没有这样一种可能，其实琴酒也是卧底，他曾经三次救过柯南的性命，虽说都是间接的，但如果做得太明显就会被老伏发现。
第一次是在第一集中，工藤新一发现了伏特加似乎在进行可疑的交易，便跟了上去。螳螂捕蝉，黄雀在后，琴酒从后面给了新一一闷棍。琴酒和伏特加认出了这个高中生是那个脑子不错的高中生侦探，老伏提议要干掉他，琴酒却不同意，因为附近还有警察，万一被警察发现，那会让他们俩被警察怀疑，风险过高。
琴酒逃出了一个盒子，里面放着几个胶囊，这是黑衣组织研究的新药，不会从尸体中验出毒药的成分，警察只会以为这人是自然死亡。唯一的问题就是，这个药还在试验阶段，不能保证100%有效。琴酒和老伏喂了药之后就溜了，如果他们在附近多待一会，那么名侦探柯南就在第一集完结了。这两人不知道自己放走的是个多么的可怕的敌人，而新一变成了江户川柯南，继续与黑衣组织做斗争。
第二次是皮斯克发现了灰原变小的事情，一旦皮斯克将灰原交给组织，哪怕没有抓住灰原，只是把宫野志保变成了小学生灰原哀这件事告诉组织，那柯南也会陷入危险中。然而，就是这么一个能抓住灰原的能人，却被琴酒认定为废物，然后处决。如果皮斯克没死，灰原变成小学生的事情会暴露，灰原身边的小学生们也会遭到怀疑。按着组织的性子，可能直接全部处决。即使组织还留有人性，会放过无辜的人。但灰原也说过，自己叛逆组织后，又自己修改的工藤新一死亡一定会引起组织的怀疑，反而会加重组织的疑心，再联想到工藤新一和宫野志保一样变小了。那么江户川柯南身份暴露也只是时间问题了。
第三次则是爱尔兰抓住了柯南，并且直言柯南就是工藤新一。小兰被爱尔兰打败，白鸟千叶等人也处于昏迷中，柯南的各种道具都被爱尔兰击毁，几乎是到了绝境。爱尔兰在和琴酒的电话中提及工藤新一，而琴酒则表示自己记不住死人的名字，并且命令基蒂安狙杀了爱尔兰。
这三次柯南都面临绝境，结果被琴酒间接所救。不过这应该只是剧情需要，否则黑衣组织真的可以倒闭了。
