看了不少作者写的答案，大部分作者会从徐福东渡以及达尔文的进化论方面着手来讲述日本人祖先从三千童男童女来的，从本地的土著人进化来的。
在这里我要说的是比起说中国人是日本人的祖先，他们更愿意相信蒙古人是他们的祖先。
蒙元中国历史上存在不到一百年的帝国，却是中国历史上疆域最广的超级帝国，版图横跨欧亚、在蒙古铁骑的之下，成吉思汗和他的子孙们一直打到了西边的多瑙河，打到了西北的莫斯科，东边的日本。对外扩张的野心，好战的个性不正是日本人所崇尚的么？其实日本人崇敬蒙古人，或许还是因为忽必烈大汗曾经两次东征日本，而东征的原因很简单，就是因为你日本人不愿臣服大元帝国。
公元1274年，当时的日本人处在是镰仓幕府时代末期，正是时代混乱更替的年代。忽必烈派遣蒙汉士兵2万余人，高丽士兵1万余人从高丽国出发登陆今日本九州的西海岸，接连取得胜利。但是后来因为大风溺亡失踪达一万三千余人而宣告第一次东征日本失败。
七年后，第二次东征日本，忽必烈派遣了15万人，最后因海风沉船死伤、失踪近七成，这些士兵部分幸存者并没有返回大都，他们留在日本，可能与日本人通婚生子也是有可能的，所以说日本人相信蒙古人事他们的祖先并不是空穴来风的！
