以陆荣廷为首的桂系军阀的地盘之所以能发展到广东，是凭着“讨袁护国”之役得来的，这一次的“战利品”助长了桂系军阀集团将悍兵骄的势态。陆荣廷统治广东以后，就施展了巧取豪夺、软骗强抢的手法，致使广东人对桂系的统治发生了愤恨的情绪，大失民心，这就是旧桂系总崩溃的原因之一。
桂系军阀在广东首先解决了军阀龙济光，接着又驱逐了广东省长李耀汉，肃清了广东的敌对势力。地盘进一步巩固后，就进行与孙中山的摊牌斗争，迫使孙中山辞去军政府大元帅之职。
陆荣廷当上改组后军政府的总裁。桂系军阀不但要推翻孙中山的政治地位，而且要消灭在孙中山旗帜下的滇军和粤军。粤军远在潮汕一带地区，一时下手不易，就先解决滇军张开儒。
张开儒是滇军的师长兼任军政府陆军总长，曾以陆军总长的名义在各县设立招兵机关，招收民军开进省城，编为陆军部警备队，桂系早视为眼中钉。
在军政府改组案成立后不久，陆荣廷派在广东的省长莫荣新突然发布命令，解散陆军部警卫队，通令各县解散陆军部所设招兵机关，并诱骗张开儒来省接洽公务，逮捕了张开儒。孙中山辞去大元帅之后，桂系军阀又急急要剪除异己的武力陈炯明。
桂系军阀到处树敌，终于爆发了粤桂战争。结果桂系惨败，陆荣廷被迫通电桂军全部退出广东，结束了桂系踞粤的局面。
桂系从广东退回家乡后，内部四分五裂。桂币发生贬值，军饷发生困难，对从粤退回的陈炳焜、莫荣新、沈鸿英的权力地位无法安排，因此内部分化为武鸣派和柳州派。
以陈炳焜为首的柳州派急于反攻广东找出路，可是广西省议会6月发表通电，主张广西实行自治，脱离北京政府，省长李静诚表示赞成，这引起了陈炳焜等的激烈反对。
陆荣廷为了避免破裂，愿意帮助柳州派向外发展，陈兵一万五千人于梧州，归陈炳焜指挥，承诺打下广州后将广东地盘给他们。
桂系军阀退出广东时，湖南的赵恒惕曾以“调人”的姿态劝陆荣廷宣布“广西自治”，并保证两广可因“志同道合”而“永息争端”。
193月13日，陈炯明通电赞成赵恒惕的意见，并保证两粤一家不生兵戎，但陆荣廷提出：“陈竞存（炯明字）哪一天驱逐孙文出境，我就哪一天和他弃怨修好。”对陆荣廷来说，这种近乎意气用事的行为，正是把自己推向末路。
因桂系咄咄逼人，逼使陈炯明与孙中山对讨伐桂系取得了一致的意见。6月26日，孙中山发布命令，派陈炯明为“援桂军总司令”，分兵入桂。战争开始不久，重镇梧州被粤军攻陷，桂系集团内部分崩离析，有的反水投靠陈炯明，有的宣布自治，有的自称救桂军司令，有的鉴名反陆，纷纷脱离陆荣廷，自寻出路。
陆荣廷被迫于7月16日通电下野，令龙州镇守使黄培桂移驻南宁，代理督军省长两职。8月5日，陆荣廷的叛将韦荣昌迎接粤军和平开进南宁。陈炯明派黄培桂、韦荣昌主持改编桂军事宜。陆荣廷在广西待不下去了，只好流亡上海，等待时机。
此时，广西成了将军多如毛，司令满街跑的世界，谁也管不了谁。19，北方直系军阀曹锟、吴佩孚与奉系军阀张作霖酝酿大战，孙中山决定暂时联奉倒直，举兵北伐，并在桂林设北伐大本营，准备假道湖南，进窥长江。
可是，陈炯明串通云南唐继尧和湖南赵恒惕实行联省自治，反对孙中山北伐，阴谋叛变。陈炯明一面电令坐镇南宁的前敌总指挥叶举班师回粤，一面呈请孙中山辞去本兼各职，作为消极抵制。4月下旬，陈炯明命令在桂粤军全部撒退，图谋在广东起事。
陆荣廷旧部陆福祥开进南宁，林俊廷也自称接受各军推举就任广西自治军总司令，开进南宁。6月15日，陈炯明反叛孙中山，令所部叶举、洪兆麟围攻总统府。孙中山下令讨伐陈炯明，无暇顾及广西，桂局急转直下。
陆荣廷等待的日子终于来了，旧部中的陆福祥、韩彩凤等和各地号称自治军的大小头目拥戴促驾的函电纷至上海，陆荣廷喜出望外，即作重返广西的部署，一面电请大总统徐世昌，重申补助饷械的请求；一面派罗潜与上海商务印书馆订合同，印制广西银行纸币二百万元。经过准备，于9月乘船南归，取道越南入桂。
同年10月，陆荣廷回到广西，复任广西边防军务督办，北京政府又委张其锽为广西省长，不久到南宁就职。
1910月30日，北京政府鉴于陆荣廷以边防督办名义不便指挥全省，故改任陆荣廷为广西全省善后总办，并将原任广西自治军总司令的林俊廷调为钦廉防务督办，以便陆荣廷由龙州移驻南宁。林俊廷是陆荣廷旧部，落得做个人情，发电到龙州欢迎，并授意南宁各界代表到龙州迎接。11月，陆荣廷由龙州移驻南宁，派陆福祥任南宁善后处处长。
