作为一个PHP的老人，偶的意见有一些参考价值。偶先介绍一下偶的从业背景，2001年开始用php，一直做电商系统，有两次中大型项目经验。目前负责公司经营，cto是用java的，金融系统经验。
既然你提到了内功，那就意味着不是短期可以具备的能力。但大家还是得圈住一个范围，你要解决什么问题？编程能力的内功和做好某类系统的内功显然只有重叠部分，而不是完全相同。
所以，偶暂时认定你是想提高编程能力或技术疑难杂症的综合解决问题能力。
编程有两个大方向，一个是工程学，另一个是算法相关的（可以说是科学的范畴），但一般来说，很多软件都是两者兼而有之，但大多数业务系统还是工程学比较重要，算法都是用现成的，基本上不用设计或发明。
所以，偶重点聊聊工程学，这个也是偶的专业领域。
软件工程是指一定规模代码量的开发、管理、维护的相关方法论总称。当然，10万行以内的系统工程学的知识起的作用还不明显，但一万上以上的代码基本上都牵涉到工程学的知识。你平时遇到的系统一些奇怪的bug，代码的复制粘贴，代码的规范等等问题都是属于工程学需要考量的问题。java不同，java是有成熟的工程学规范体系。php的情况比较混乱。
所以，内功就可以概括出来了。
1. 代码的规范和质量，逻辑的清晰和简单。
2. 模块分包和类包的划分和设计。
3. 目录的组织和划分。
4. 质量保障工具的使用，如单元测试。
以上四点既和基本知识有关，也和你的工程经验有关。
所以，早期要增强内功就包括，培养良好的编程习惯，形成自己面对复杂度较高的代码段的逻辑清晰和简单化；其次、大量阅读和解剖优秀的工程开源项目；然后，争取较大规模的系统开发机会。
另外呢，编程内功跟一个人的性格也是息息相关的，一个能看清楚自己的人和一个自以为是、自偶封闭的人，成长的速度也是很大区别的。不懂就问，海纳百川，虚心和同行请教，注重实事求是，这也是非常重要的内功。
最后才是计算机的基础知识，包括各种能提高你编程能力的方法论，如《编程珠玑》《代码大全》…各类技术书籍，比如偶本人常年保持阅读大量技术书籍的习惯。意思是，技术书籍的阅读量多多益善。
另外，也要适当补充关于《哲学》和《文学》《历史》你很快就会发现，编程需要的内功已经和一个人的基本素质息息相关了，包括思维习惯等等，哪些编程厉害的人，做管理和经营也是一把好手。
因为你问的问题没有界定范围，所以只能这样帮你概括。一次性打字写完的，有部分错别字，另外水平也有限，多多见谅，希望对你有帮助。
