一般来说，医学论文的关键词，是指从论文的标题、文摘以及正文中抽取的，对表征论文文献主要内容具有实质意义的语词，或者说对揭示和描述论文文献主题内容是重要的、关键性的语词。由于医学论文必须通过文献的正确标引，纳入到某一检索系统或检索工具，检索者才能从浩如烟海的文献中查到自己所需要的论文。所以，准确、规范的关键词标引可以提高文献的查全率、查准率及其利用率。下面，赛恩斯编译就医学论文关键词的标引进行探讨。
关键词标引是指对文献和某些具有检索意义的特征如研究对象、处理方法和实验设备等进行主题分析，并利用主题词表给出主题检索标识的过程。关键词标引，一是增加文献的检索途径，便于读者查阅获取文献信息，加快信息的传递速度，以利于国内外信息交流；二是能减轻信息文献的处理负荷，缩短二次文献的报道时差；三是便于编制期刊的年度主题索引，以利于建立文献检索系统。
论文关键词标引常采用概括性的整体标引和重点性的分析标引两种。概括性的标引就是对论文的完整的主题或者说概括性主题，依据该主题的各个组成因素的情况，进行专指性基本一致的标引。分析标引就是对论文进行概括性标引的同时，还对其中比较重要的主题因素进行标引。当然也可以对论文进行全面标引，即对一篇论文的完整或概括性主题标引出来外，还要把所论述的各个方面的主题全部标引出来。具体方法及步骤如下：
一、论文主题分析，确定主题概念。也就是在对论文的标题、摘要、前言、材料和方法、结果与讨论、结论的内容认真仔细地研读的基础上，分析论文的主题类型、结构要素以及各个主题因素在结构上的相互关系，弄清是单主题还是多主题，是显性主题还是隐性主题，以及论文主题因素的组成(主体因素、通用因素、位置因素、时间因素、类型因素)，最后提炼与主题概念一致的自然语言语汇的过程。
二、查表选词，转换主题概念。首先应将代表主题概念的关键词进行排序，然后查对“医学主题词注释字顺表”和“中医药主题词表”，逐一确定哪些词可以直接作为主题词，哪些词可以转换成主题词，哪些词无法规范化而作为自由词列出关键词，哪些主题词可以组配成专指主题概念的词组。依据国家标准GB/T3179-92和GB/3860-1995规定，每篇医学论文应选3～8个关键词标引。
此外，关键词标引需注意以下问题：
1.在主题概念转换时，找不到合适的主题词情况下，首先应考虑主题词是否采用了倒置形式，其次如果无法用组配方式表达主题概念时，可选用上位概念的语词作为主题词。
2.标引时不要直接从论文题目中选择关键词，而应从标题、摘要和正文中抽取，以防遗漏主题信息。
3.避免使用冠词、介词、连词、感叹词、形容词、某些动词如无独立检索意义的禁用词和通用词如调查、研究、实验、观察、应用、评价、分析、现状、趋势、问题、文献、信息等非关键词标引论文。
4.医学论文中表示同一主题概念的语词之间存在着同义词、近义词、多义词, 还有俗名和学名、简称和全称、狭义词和广义词等多种词间的关系，注意选择正式主题词。
5.要注意主题与主题之间的影响和被影响关系、因果关系、相关关系、应用关系、主题词单复数的关系。
6.组配标引时，必须是概念组配，也不能越级组配，先组式主题词不需要进行组配。
7.在主题概念提炼过程中，防止主题概念错提、漏提、泛提、异提、重提等误差现象发生，同时还要注意隐含主题概念的挖掘。
8.在使用主题词表选词时需注意其动态变化。
