(1) 体外药敏实验并不能完全代表该药在体内的作用效果
这和药物在体内的吸收、代谢有关。如体外药敏实验表明硫酸新霉素、丁胺卡那霉素对大肠杆菌高度敏感，但在治疗肉仔鸡大肠杆菌引起的心包炎、肝周炎时效果不明显，原因是通过口服给药在肠道内不能吸收入血，达不到有效的血药浓度故不起作用。
(2) 体外药敏实验所培养出的菌有时并不是此次感染的主要病原菌如支原体、胸膜肺炎放线杆菌很难培养，在患支原体肺炎、放线杆菌引起的胸膜肺炎时培养出来的细菌往往是体内长在菌。
(3) 原发病是病毒病，后继发细菌感染并表现出细菌病的症状
如猪患非典型猪瘟，继发猪肺疫时，猪往往表现出呼吸道症状(猪肺疫的症状)。此时，体外药敏实验最好的抗巴氏杆菌药也不会取得满意的治疗效果，因为原发病是猪瘟。
